Квалифицированный стоматолог, врач высшей категории. Обучалась в Санкт-Петербургском ГМУ им. Павлова, который окончила в 1993 году. Годом позднее закончила интернатуру по специальности «ортодонтия». В настоящее время занимает должность главного врача стоматологической клиники Анле-Дент.
Несмотря на высокий пост Елена Яковлевна продолжает практиковать. Она специализируется на ортодонтическом лечении и исправляет неправильный прикус у пациентов любого возраста. Кроме того, по договоренности доктор Худоногова осуществляет терапевтическое лечение различных зубных болезней, в том числе, и детских.
На протяжении всех лет своей деятельности Елена Яковлевна несколько раз повышала квалификацию, а в 2006 году защитила диссертацию, получив ученую степень кандидата медицинских наук.